Pondok Pesantren Al-Jawahir didirikan pada tanggal 10 Juni 2003 diatas tanah yang diwakafkan dari seseorang yang Bernama H. Jauhari dan istrinya Hj. Nurul Hasanah. Diawal berdirinya Pondok Pesantren Al-Jawahir belum memiliki Lembaga Formal untuk mewadahi para santri yang ingin mengikuti Pendidikan Formal sehingga didirikanlah Pendidikan Kesetaraan Pondok Pesantren Salafiyah (PKPPS).
Pada tahun 2015 setelah adanya program Pendidikan Diniyah Formal, Pondok Pesantren Al-Jawahir mencoba mengajukan Izin Operasional Pendidikan Diniyah Formal (PDF) setelah semua kriteria untuk mendirikan PDF sudah terpenuhi. Barulah pada tanggal 17 November 2017 SK Izin Operasional PDF Al-Jawahir diterbitkan dan menjadi Lembaga Pendidikan Diniyah Formal (PDF) yang sah.
VISI MISI
Visi :
Membentuk santri yang cerdas, trampil dan berakhlakul karimah untuk mencapai kebagahiaan dunia dan ukhrowi
Misi :
Mendidik santri agar menjadi generasi bangsa yang cerdas dan memiliki ilmu pengetahuan yang luas
Mendidik santri agar memiliki bekal keterampilan hidup, baik soft skill maupun hard skill
Mendidik santri secara seimbang pengetahuan agama dan pegetahuan umum agar terbentuk manusia yang paripurna (insan kamil)
Mendidik santri agar menjadi generasi yang memiliki aqidah yang kokoh serta berakhlak mulia